多年来，神州数码软件服务业务始终坚持“应用为本，专注行业”的发展思路，专注于金融、电信、政府（财税）、制造业、流通业等国民经济重点行业的核心业务，为用户构建信息时代所需的一流的核心业务系统和电子商务平台。
神州数码自20世纪90年代初进入电信行业信息化领域以来，先后参与了中国电信“九七工程”全国纵向联网和国家邮政总局邮政综合业务网的建设，承担了中国联通193长途客服及计费系统的开发，近几年，又参与了中国移动省级BOSS系统和中国联通综合业务运营支撑系统的建设。神州数码总结十几年的软件集成业绩，提炼出四个成功的关键能力：产品研发、行业专家、项目管理、客户关系管理。
产品研发能力是以应用软件为核心的IT服务发展的基础，也是实现软件规模效益的重要举措。神州数码设立了专门的软件产品部，负责行业应用软件的研发和预制。通过十几年的修炼，神州数码已经拥有完善的产品研发体系和管理流程，而且源源不断地推出受市场和用户欢迎的应用系统。
应用软件对软件企业有着更高的要求，那就是要充分了解行业业务，甚至比客户还要懂，只有这样才能为客户提供前瞻性的信息化和管理咨询。神州数码软件业务十几年的发展培养出了很多堪称行业专家的高级人才，近几年公司又采取开放的人才政策，陆续引进了一大批资深的行业专家。未来，神州数码将努力培养和引进更多的行业专家，为用户的业务流程整合、管理优化、信息化规划咨询等提供服务。
软件制造商想要具备一定的竞争力，除了技术的支持外，还要有国际化的质量管理和项目管理能力。神州数码的项目管理部负责公司所有应用软件项目的监督和管理。1998年12月，公司的软件开发通过了ISO9001国际质量体系认证；1999年12月，公司的系统集成业务全面通过ISO9001认证；2001年12月，又通过了ISO9000：2000版的复评；2000年，神州数码被国家信息产业部首批评为系统集成一级资质认证企业，具备了独立承担国家级、省（部）级、行业级、地（市）级（及其以下）、大中小型企业级等各类计算机信息系统建设的能力；2001年底又成功通过了目前国际最为认同的CMM2认证。这标志着神州数码的软件开发能力和管理水平全面提升，并与国际接轨。
客户关系管理能力是应用软件企业有效地把握市场、更好地服务于用户的重要保障。凭借着过硬的研发能力，神州数码赢得了大批重量级客户。如何与客户在互动中交流与发展是神州数码在客户关系管理过程中的一个值得借鉴的部分。现在，神州数码在金融、电信、政府、制造业几大行业中积累了雄厚的用户基础，神州数码与用户在战略性深层次合作中互动发展。
